船用柴油機的工作原理與車用是一樣的，差別是功率更大，主要是缸數多，缸徑大。除此之外還包括以下幾方面的區別：
      1、噴射的方式不同:船用柴油機是將柴油與燃料混合后進入氣缸,使得船用柴油機的輸出扭矩都會比車用柴油機大。大扭矩不會影響車速，但會影響車的瞬間加速，和負載能力。而車用柴油機是直接將柴油噴入已經充滿壓縮空氣的氣缸。
      2、點火方式不同：船用柴油機是通過壓縮自燃點火，燃料依靠汽缸內空氣壓縮產生的熱量引燃，也就是空氣壓縮會升高溫度，當壓縮空氣的溫度高于柴油的燃點時柴油就會燃燒。而車用柴油機需要火花塞點燃混合氣體。
      3、壓縮比不同：船用柴油機的壓縮比較車輛用柴油機的要大，因此它的膨脹比和熱效率比較高，油耗比車輛用柴油機要低。
      船用柴油機和車用柴油機從噴射、點火方式以及壓縮比三方面進行了比較。